一、凝膠制備
1.微波爐溶解瓊脂糖時，膠液沸騰沖溢出三角錐瓶微波爐加熱時膠液可能發生劇烈沸騰，
1）總液體量不宜超過三角錐瓶的 50% 容量，
2）2% 以上膠液設置中火加熱
3）膠液劇烈沸騰時，停止加熱，移開三角錐瓶，請戴上防熱手套，小心搖動三角錐瓶，然后再次加熱，膠液沸騰直至膠液清澈，保證瓊脂糖*溶解。
2.瓊脂糖電泳圖像背景模糊不清
瓊脂糖沒有*溶解會造成電泳圖像背景模糊不清。 *溶解的瓊脂糖膠液清澈，三角錐瓶內壁應沒有粘附瓊脂糖顆粒。
3.加熱后水分蒸發，如需要應加入熱的蒸餾水，補足到原來的重量，搖勻。
二、 電泳
1.DNA 條帶模糊，拖尾
1） DNA 降解。避免核酸酶污染。
2）DNA 上樣量過多。減少凝膠中 DNA 上樣量。
3） 電泳緩沖液陳舊: 電泳緩沖液多次使用后，離子強度降低， pH 值上升，緩沖能力減弱，從而影響電泳效果。建議經常更換電泳緩沖液。
4）電泳條件不合適。電泳時電壓不應超過 20V/cm ，溫度＜30 ℃ ,巨大 DNA 鏈，溫度應＜15 ℃，核查所用電泳緩沖液是否有足夠的緩沖能力。
5）DNA 樣含鹽過高。泳前通過乙醇沉淀去除過多的鹽。
6）有蛋白污染。電泳前抽提去除蛋白。
7）DNA 變性。電泳前勿加熱，用 20mM NaCl 緩沖液稀釋 DNA 。
2.DNA 條帶淡弱或無 DNA 帶
1）DNA 的上樣量不夠：增加 DNA 的上樣量。
2）DNA 降解：避免 DNA 的核酸酶污染。
3）DNA 走出凝膠：縮短電泳時間，降低電壓，增強凝膠濃度。
4）分子大小相近的 DNA 帶不易分辨。增加電泳時間，使用正確的凝膠濃度。
5）DNA 變性：電泳前請勿高溫加熱 DNA 鏈，用 20mM NaCl Buffer稀釋DNA 。
6）DNA 鏈巨大，常規凝膠電泳不合適。在脈沖凝膠電泳上分析。
3.DNA MARKER 條帶扭曲
1）配制凝膠的緩沖液和電泳緩沖液不是同時配制的。使用同時配制的緩沖液。電泳時緩沖液高過液面1 － 2mm 即可。
2）電泳時電壓過高。可以在電泳前 15 分鐘用較低電壓 (3V/cm), 等條帶出孔后，再調電壓。
3）盡量慢慢加樣 ,等樣品自然沉降后再加電壓。
