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蛋白質制備液相色譜儀分類方法有多種。
1、按分離目的可分：實驗室蛋白質制備液相色譜儀和工業蛋白質制備液相色譜儀。
2、按產地可分：國產蛋白質制備液相色譜儀和進口蛋白質制備液相色譜儀。
3、按分離規模可分：小型蛋白質制備液相色譜儀和大型蛋白質制備液相色譜儀。
4、按應用范圍可分：型蛋白質制備液相色譜儀和通用型蛋白質制備液相色譜儀。
5、按進樣自動性可分：蛋白質制備自動進樣液相色譜儀和蛋白質制備手動進樣液相色譜儀。
6、按梯度數目可分：蛋白質制備二元梯度液相色譜儀、蛋白質制備三元梯度液相色譜儀和蛋白質制備四元梯度液相色譜儀等。